IsoPlexis系統的工作原理主要基于其獨特的微流控芯片技術和自動化檢測流程，能夠在單細胞水平上實現高通量、多路復用的蛋白質組學分析‌。以下是其核心工作流程：

‌單細胞捕獲與培養‌：

系統使用微流控芯片（IsoCode芯片）將單個細胞分離到微室中，并通過流體動力學設計實現均勻的細胞分布和培養環境‌。這一步驟避免了傳統方法中需要多個手動操作和清洗站的問題。

‌蛋白質分泌與檢測‌：

細胞在微室內分泌蛋白質后，系統通過自動化流程加入ELISA試劑，利用夾心法對分泌的蛋白質（如細胞因子）進行高靈敏度檢測‌。每個微室可分析多達32種蛋白，檢測范圍覆蓋2-2000pg/ml‌。

‌成像與數據分析‌：

系統配備高級光學組件，對微室內的細胞和蛋白質信號進行成像，并將數據直接導入IsoSpeak軟件平臺‌。該軟件通過算法量化單細胞水平的蛋白質表達，生成功能蛋白譜（如細胞多功能指數PSI），用于識別細胞亞群和功能狀態‌。